Từ những năm đầu thập niên 80 của thế kỷ XX, yêu cầu thành lập tổ chức kiểm soát chất lượng sản phẩm thủy sản xuất khẩu của Việt Nam đã được hình thành, cùng với việc Nhà nước cho phép Bộ Thủy sản thử nghiệm cơ chế tự cân đối, tự trang trải và thành lập Tổng Công ty xuất khẩu thủy sản Việt Nam – Seaprodex. Trung tâm KCS thủy sản xuất khẩu, trực thuộc T.Cty Seaprodex, được thành lập theo Quyết định số 347TS/QĐ ngày 31/05/1984 của Bộ Thủy sản, với chức năng kiểm tra và chứng nhận hàng thủy sản xuất khẩu theo danh mục quy định.

Cơ cấu tổ chức của Cục Quản lý Chất lượng Nông lâm sản và Thủy sản gồm:

1. Lãnh đạo Cục:

Lãnh đạo Cục có Cục trưởng và các Phó Cục trưởng do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn bổ nhiệm, miễn nhiệm theo quy định.

Cơ quan Chất lượng Trung bộ, Nam bộ và các Trung tâm vùng trực thuộc Cục Quản lý Chất lượng Nông lâm sản và Thủy sản

1. Cơ quan Quản lý Chất lượng Nông lâm sản và Thủy sản Trung bộ

- Cơ quan Quản lý Chất lượng Nông lâm sản và Thủy sản Trung bộ được thành lập theo Quyết định số 4023/QĐ-BNN-TCCB ngày 17/12/2008 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.

Trính Quyết định số 29/2008/QĐ-BNN ngày 28/1/2008 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn phân công chức năng nhiệm vụ của Cục quản lý Chất lượng Nông lâm sản và Thủy sản)